Este convento foi fundado em 1459 pelos Infantes D. Fernando e Dona Beatriz, pais de D. Manuel I e da Rainha Dona Leonor.

A igreja, claustro e sala capitular à volta do qual o convento se organizou até ao final do seculo XIX concedia-lhe uma certa heterogeneidade. As várias fases de construção em regra corresponderam a iniciativas custeadas pelo poder real quer por abadessas oriundas da nobreza. No século XVII as paredes foram revestidas de azulejo e foram erguidas novas capelas.

Com a extinção das ordens religiosas em 1834 o convento cai progressivamente em ruínas até que em 1892-95 é quase totalmente demolido.

O Interior

O Pátio que dava acesso à igreja é um trabalho do estilo gótico e apresenta dos lados os brasões dos Infantes e o facto do coro-baixo já não estar separado da nave permite uma panorâmica da talha que marca a ouro o esplendor da arte barroca.

No lado direito podemos admirar um conjunto de altares dos seculos XVII e XVIII, que culminam no altar dedicado a São João Baptista da autoria de José Ramalho (1695).

Do lado esquerdo a talha envolve um conjunto de painéis de azulejos historiados representando a vida de São João Baptista colocados em 1741 por Dona Brites. Na capela-mor encontra-se o sarcófago de D. Fernando.

O Claustro é constituído por quatro quadras e um pátio descoberto com uma cisterna ao centro. As paredes são revestidas a azulejos policromos do século XVII.

Na quadra de São João Evangelista abre-se o pórtico que dá acesso à sala do capítulo, que é anunciado pelo brasão de D. João II.

Esta joia da azulejaria portuguesa é revestida a meia altura por azulejos de aresta decorados com motivos de inspiração mourisca e renascentista do seculo XVI.

Num dos topos situa-se a capela dedicada a São João Baptista, trabalho renascentista de 1641. Junto a esta capela jazem os restos mortais de Dona Beatriz.

O Exterior

Uma vistosa platibanda rendilhada remata a parte superior do edifício e cujos elementos decorativos apesar de góticos já anunciam o manuelino. Duas estátuas representando os fundadores do convento quebram o ritmo da platibanda.

Museu Regional de Beja

O Museu Regional de Beja encontra-se instalado no Convento da Conceição deste 1927-28. No entanto a sua história remonta ao dia 29 de dezembro de 1892. Com a extinção dos conventos e a demolição de algumas igrejas e palácios o museu viu o seu acervo substancialmente enriquecido e aumentado com coleções de pintura, azulejos entre outras.

O Museu Regional de Beja foi considerado um dos melhores e mais ricos museus regionais de Portugal.