Dit klooster werd in 1459 gesticht door de Infantes D. Fernando en Dona Beatriz, ouders van D. Manuel I en koningin Dona Leonor.

De kerk, het klooster en de kapittelzaal waarrond het klooster tot het einde van de 19e eeuw was georganiseerd, gaven het een zekere heterogeniteit. De verschillende bouwfasen kwamen in de regel overeen met initiatieven gefinancierd door de koninklijke macht of door abdissen van de adel. In de 17e eeuw werden de muren bedekt met tegels en werden nieuwe kapellen gebouwd.

Met het uitsterven van de religieuze ordes in 1834 viel het klooster geleidelijk in puin totdat het in 1892-95 bijna volledig werd afgebroken.

Binnen
De binnenplaats die toegang gaf tot de kerk is een werk in gotische stijl en is voorzien van de wapenschilden van de Infantes aan de zijkanten en het feit dat het lagere koor niet langer gescheiden is van het schip, biedt een panoramisch uitzicht op het houtsnijwerk dat de pracht markeert van barokke kunst in goud.

Aan de rechterkant kunnen we een reeks altaren uit de 17e en 18e eeuw bewonderen, met als hoogtepunt het altaar gewijd aan São João Baptista door José Ramalho (1695).

Aan de linkerkant omringt het snijwerk een reeks panelen met historische tegels die het leven van Johannes de Doper voorstellen, geplaatst in 1741 door Dona Brites. In het koor bevindt zich de sarcofaag van D. Fernando.

Het klooster bestaat uit vier blokken en een open patio met een stortbak in het midden. De muren zijn bedekt met polychrome tegels uit de 17e eeuw.

Op het plein van São João Evangelista opent de portiek die toegang geeft tot de kapittelzaal, die wordt aangekondigd door het wapen van D. João II.

Dit juweel van Portugese tegels is op halve hoogte bedekt met randtegels versierd met Moorse en Renaissance-motieven uit de 16e eeuw.

Op een van de toppen staat de kapel gewijd aan São João Baptista, een renaissancewerk uit 1641. Naast deze kapel liggen de overblijfselen van Dona Beatriz.

buiten
Een opzichtige kanten platband completeert het bovenste deel van het gebouw en waarvan de decoratieve elementen, ondanks dat ze gotisch zijn, al de Manuelijnse stijl aankondigen. Twee beelden die de stichters van het klooster voorstellen, doorbreken het ritme van de platband.

Regionaal Museum van Beja
Het Regionaal Museum van Beja is van 1927-28 in het Convento da Conceição geïnstalleerd. De geschiedenis gaat echter terug tot 29 december 1892. Met het uitsterven van de kloosters en de sloop van sommige kerken en paleizen, zag het museum zijn collectie aanzienlijk verrijkt en uitgebreid worden met collecties van onder meer schilderijen, tegels.

Het Regionaal Museum van Beja werd beschouwd als een van de beste en rijkste regionale musea in Portugal.