Ce couvent a été fondé en 1459 par les infants D. Fernando et Dona Beatriz, parents de D. Manuel I et de la reine Dona Leonor.

L'église, le cloître et la salle capitulaire autour desquels s'organise le couvent jusqu'à la fin du XIXe siècle lui confèrent une certaine hétérogénéité. Les différentes phases de construction correspondaient en règle générale à des initiatives financées par le pouvoir royal ou par des abbesses issues de la noblesse. Au XVIIe siècle, les murs sont recouverts de tuiles et de nouvelles chapelles sont construites.

Avec l'extinction des ordres religieux en 1834, le couvent tombe progressivement en ruine jusqu'à ce qu'en 1892-95 il soit presque entièrement démoli.

À l'intérieur
La cour qui donnait accès à l'église est un ouvrage de style gothique et comporte les armoiries des Infantes sur les côtés et le fait que le chœur inférieur ne soit plus séparé de la nef permet une vue panoramique sur les sculptures qui marquent la splendeur de l'art baroque en or.

Sur le côté droit, on peut admirer un ensemble d'autels des XVIIe et XVIIIe siècles, culminant avec l'autel dédié à São João Baptista par José Ramalho (1695).

Sur le côté gauche, la sculpture entoure un ensemble de panneaux de carreaux historiques représentant la vie de saint Jean-Baptiste, posés en 1741 par Dona Brites. Dans le choeur se trouve le sarcophage de D. Fernando.

Le cloître se compose de quatre blocs et d'un patio ouvert avec une citerne au centre. Les murs sont recouverts de tuiles polychromes du XVIIe siècle.

Sur la place de São João Evangelista, s'ouvre le portique qui donne accès à la salle capitulaire, annoncée par les armoiries de D. João II.

Ce joyau de tuiles portugaises est recouvert à mi-hauteur de tuiles de bordure décorées de motifs mauresques et Renaissance du XVIe siècle.

Sur l'un des sommets se trouve la chapelle dédiée à São João Baptista, une œuvre de la Renaissance de 1641. À côté de cette chapelle se trouvent les restes de Dona Beatriz.

l'extérieur
Un bandeau de dentelle voyante complète la partie supérieure de l'édifice et dont les éléments décoratifs, bien que gothiques, annoncent déjà le style manuélin. Deux statues représentant les fondatrices du couvent viennent briser le rythme du plateau.

Musée régional de Beja
Le Musée régional de Beja est installé dans le Convento da Conceição à partir de 1927-28. Cependant, son histoire remonte au 29 décembre 1892. Avec l'extinction des couvents et la démolition de certaines églises et palais, le musée a vu sa collection considérablement s'enrichir et s'agrandir avec des collections de peintures, d'azulejos, entre autres.

Le musée régional de Beja était considéré comme l'un des meilleurs et des plus riches musées régionaux du Portugal.