C'était le premier couvent à être construit sur les terres conquises aux Arabes et il est situé à l'extérieur de la ceinture de murs et devant les portes principales de la ville, les Portas de Mértola.

Fondée en 1268, elle fut sécularisée en 1852 et peu après transformée en caserne, ce qui entraîna la destruction de la Capela dos Ossos, identique à celle d'Évora.
La façade est composée de 3 grandes arcades murées qui communiquent avec un grand patio qui précède l'église conventuelle. Le portique de l'église, de style maniériste, porte le symbole des franciscains sur le fronton. Le cloître s'ouvre sur le côté, composé de 4 galeries et d'un patio découvert avec une citerne au centre. Ces galeries datent des XVIe et XVIIe siècles.