Construida fuera de las murallas, junto al castillo y de una de las puertas romanos de la ciudad, la puerta de Évora, esta iglesia en la sencillez de su fachada “esconde” la preciosidad artístico-arquitectónica que guarda en su interior. Un notable conjunto de capiteles dan fe de su origen visigodo.
En el siglo XIV sufrió algunas alteraciones relacionadas con los restos mortales de João Mendes, escudero de D. Dinis. Su fachada actual data del siglo XVII, en la que se añadió uno de los “Pasos” de la Vía Sacra.
En el siglo XIX se arrancaron de su interior paneles de azulejos con escenas de caza, obra del célebre pintor Gabriel del Barco.
Hasta finales del siglo XIX,en el 15 de enero, esta iglesia celebró una curiosa fiesta en honor al Santo Amaro, en la que se vendían y subastaban tortas y dulces en forma de brazos y piernas. Se creía que quien comiera estos pasteles estaría libre de sufrimiento en los miembros durante el año, ya que Santo André es considerado el protector de los lisiados.
Actualmente se encuentra instalado aquí el Núcleo Visigodo del Museu Regional de Beja.