Construit hors des murs, à côté du château et de l'une des portes romaines de la ville, la porte d'Évora.
La simplicité de la façade "cache" les joyaux artistiques et architecturaux qu'elle garde à l'intérieur.
Le remarquable ensemble de chapiteaux atteste de son origine wisigothique.
Au XIVe siècle, il subit quelques modifications liées à la dépouille mortelle de João Mendes, écuyer de D. Dinis.
Au XVIIe siècle, on lui donna la façade actuelle à laquelle fut ajoutée l'une des « Marches » de la Via Sacra.
Au XIXe siècle, les panneaux d'azulejos représentant des scènes de chasse du célèbre peintre Gabriel del Barco ont été supprimés.
Jusqu'à la fin du XIXe siècle, le 15 janvier, cette église organisait une curieuse fête en l'honneur de Santo Amaro, au cours de laquelle des gâteaux et des bonbons en forme de bras et de jambes étaient vendus et mis aux enchères. On croyait que quiconque mangeait ces gâteaux ne souffrirait pas des membres pendant l'année, car Santo Amaro est considéré comme le protecteur des infirmes.
Le noyau wisigoth du musée régional de Beja est actuellement hébergé ici.