Tras la construcción de la Praça Nova, obra de D. Manuel I, su hijo D. Luís decidió dotarla de un mercado público. Para ello eligió uno de los remates de la plaza. Tan suntuoso era el edificio que el infante, en carta del 17 de abril de 1550, proponía a los consejeros del cabildo darle un destino más digno.

Así se transformó en una iglesia. Unos siglos más tarde, en 1956, el templo fue restaurado a su diseño original y despojado de la ornamentación religiosa que tenía en su interior.
Es un monumento que no tiene paralelo en Portugal y debe ser obra de un arquitecto que estudió en Italia ya que Florencia tiene un edificio similar.
Tiene planta cuadrada con nueve tramos de bóvedas apoyadas sobre columnas con capiteles corintios.