Bei Ihrem Rundgang durch die Altstadt finden Sie einen der ältesten Sakralbauten Bejas, die Kirche Santa Maria. Das Bauwerk geht zurück auf die zweite Hälfte des 8.Jh, die Zeit der Visigoten. Während der Epoche des muslimischen Mittelalters ist die Kirche zu einer Moschee umgebaut worden.
Die Messe von Beja fand früher um diese Kirche herum statt. Im Laufe der Jahrhunderte erlitt das Gebäude mehrere Umbauten und auch Verluste. Zu ihren ältesten Bauteilen gehören die Uhrentürme, die Apsis und die eindrucksvolle offene Vorhalle.
Am Glockenturm gegenüber befindet sich eine historische Uhr des Bejenser Uhrmachers António Franco aus dem Jahr 1761, sie ersetze die die frühere Uhr, die noch von König Dom Manuel beauftragt worden war. Im Turm befindet sich auch eine wertvolle Glocke aus dem 14. Jh.
Die Kirche Santa Maria besteht innen aus drei Kirchenschiffen, die von dicken zylindrichen Säulen voneinander getrennt sind. Hervorzuheben sind eine wunderbare aus Holz geschnitzte Darstellung des “Baum Jesse” und ein Altarbild des Abendmahls von Pedro Alexandrino